栀子蓝色素广泛用于硬糖、果胶、琼脂、布丁、马希马洛糖、饼干、松蛋糕、蛋糕预制粉、稀奶油、冰淇淋、乳制品、蔬菜、青豆等罐头、饮料、果汁等的着色，为蓝色着色剂。

桅子蓝色素是采用生物工程技术制得的一种安全、无毒副作用的天然食用色素，为深蓝色粉末，易溶于水，我国于1990年在制定新增食品添加剂的使用卫生标准时将其列入，用于蛋白质、糖和淀粉等食品染色，特别是在配制酒的生产中，桅子蓝是石榴红等复配色素中不可缺的成分。早在上个世纪80年代 Fujikawa等就发现，在β-葡萄糖苷酶催化条件下，一分子的桅子苷会被水解生成一分子的葡萄糖和一分子的桅子苷元，如下继而桅子苷元与氨基酸反应生成桅子蓝色素。

在食品加工中直接着色不多，主要用于与天然的黄色素如栀子黄色素、红花黄色素等配伍，调配出不同色泽的绿色素，与提取的叶绿素相比，用栀子蓝色素调配的绿色素色调可以控制、耐酸性好，可用于偏酸性的食品、饮料中。另外栀子蓝色素还可与各种天然的红色素配伍，调配出不同色调的紫色。因此栀子蓝色素在食品加工中有较广阔的应用范围。

我国关于桅子蓝色素的研究起步较晚，国内关于桅子蓝色素制备的报道不多。桅子蓝色素的制备方法可以归纳总结为两种：一种是在培养基中直接加入粉碎后的桅子果实，将发酵水解与合成一步完成，此种方法不但产品质量不高，而且还造成了桅子黄色素的浪费；另一种方法被称为两步法，将桅子蓝的水解与桅子蓝色素的合成分开，以提高桅子蓝色素的质量。虽然制备桅子蓝色素有两种不尽相同的方法，但是不难看出桅子蓝色素的制备过程中必不可缺的两步：一步是水解，就是在酶做催化剂的条件下将桅子普水解为桅子普元;另一步是合成，就是在一定条件下桅子苷元与氨基酸反应生成桅子蓝色素。在直接发酵法中，水解与合成是同时进行的，这种方法虽然操作简单，但是得到的产品多灰暗泛绿或偏紫并且收率低。两步法在工艺上对直接发酵法进行改进，将桅子苷的水解与合成桅子蓝色素分开进行，既可以提高桅子蓝的品质有增加了收率。但是两步法是采用游离酶水解，在水解过程还属于间歇操作，这样不利于桅子蓝色素的连续化、工业化生产。