菠萝蛋白酶又称菠萝酶。由菠萝汁、皮等提取的巯基蛋白酶。浅黄色无定形粉末，微有特异臭。分子量33000。对酪蛋白、血红蛋白、BAEE的 适pH值是6～8，对明胶是pH值5.0。酶活性受重金属抑制。略溶于水，不溶于乙醇、丙酮、氯仿。

1、焙烤食品：将菠萝蛋白酶加入生面团中，可使面筋降解，生面团被软化后易于加工。并能提高饼干与面包的口感与品质。

2、干酪：用于干酪素的凝结。

3、肉类的嫩化：菠萝蛋白酶将肉类蛋白质的大分子蛋白质水解为易吸收的小分子氨基酸和蛋白质。可广泛地应用于肉制品的精加工。

4、菠萝蛋白酶在其它食品加工业中的应用，有人已经用菠萝蛋白酶来增加豆饼和豆粉的PDI值和NSI值，从而生产出可溶性蛋白制品及含豆粉的早餐、谷类食物和饮料。其它还有生产脱水豆类、食品和人造黄油；澄清苹果汁；制造软糖；为病人提供可消化的食品；给日常食品添味等

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