紫外线消毒器利用紫外线光子的能量破环水体中各种病毒、细菌及其它致病体的DNA结构。主要使DNA中的各种结构键断裂或发生光化学聚合反应，如使DNA中THYMINE二聚，从而使病毒、细菌以及其它致病体丧失复制繁殖能力，达到灭菌的效果。紫外线杀菌波段主要介于200～300nm之间，253.7nm波长的杀菌能力消毒强。当水或空气中的各种细菌病毒经过紫外线（253.7nm波长）照射区域时，紫外线穿透微生物的和细胞核，破坏核酸（DNA或RNA）的分子键，使其失去复制能力或失去活性而死亡，从而在不使用任何化学成分的情况下杀灭水或空气中所有的细菌病毒。紫外线杀菌器杀菌原理是利用紫外线灯管辐照强度，即紫外线杀菌灯所发出之辐照强度，与被照消毒物的距离成反比。当辐照强度一定时，被照消毒物停留时间愈久，离杀菌灯管愈近，其杀菌效果愈好，反之愈差。

在水产养殖领域，通常会遇到两个问题：水中藻类的大量繁殖和鱼类疾病。大多数的水生藻类及引起鱼类疾病的细菌病毒在强紫外线照射下数秒内即可死亡解体，所以这两个问题都可以通过紫外线杀菌方法得到妥善解决。经过紫外线杀菌净化过的水池，99%以上的细菌病毒会被杀死，因此鱼虾类会很少生病，进而提高养殖产量，对观赏鱼来说洁净无菌的水会使鱼体更加色彩鲜艳。在太阳光或人工光源的照射下，水中藻类如蓝绿藻会大量繁殖，藻类消耗水中氧气养分，进而影响所养殖生物的正常生长，紫外线可以解决这个问题。让养殖水反复循环通过一个装有紫外线灯的封闭杀菌器中，水中藻类在强UVC紫外线辐射下会解体死亡，重组为大的分子链，*终可以被过滤系统过滤。