真空玻璃温室的消毒工作包括土壤消毒。土壤消毒是防治土壤病虫害的重要措施之一。在真空玻璃温室进行土壤消毒消毒时，必须有效地依靠农业控制、物理控制、生态控制等综合防治措施。

土壤消毒可以使用土壤消毒剂和高温闷热棚。真空玻璃温室除能使土壤成熟，增加有机质含量，改善土壤结构外，还能消除连作引起的致病菌和地下害虫，操作简便，效果显著

高温闷热棚消毒方法，即夏季封闭式真空玻璃温室，利用太阳热、高温和 熏蒸对棚内进行消毒，一般从7月初到8月下旬。该方法具有成本低、污染小、操作简单、效果好、易于群众接受等优点。

真空玻璃温室的杀菌消毒应根据大棚的条件进行不同的处理。由于种植作物的不同，再加上真空玻璃温室使用时间的不同，会出现不同程度的土壤传播病害和盐渍化现象，因此应采取针对性的措施加以解决。