在连栋双膜大棚内一次又一次地种植同一种蔬菜，会在土壤中积累大量的病菌、病毒、昆虫源和杂草，这将不可避免地对下一种蔬菜产生不利影响。在连栋双膜大棚和连栋双膜大棚期间，必须对土壤和大棚进行消毒。目前，大棚室的消毒处理方法主要有以下几种。

1.土壤消毒(太阳能消毒法)

在设施条件下，温湿度对病虫害的生长和传播非常有利，尤其是土壤传播的病虫害。太阳能消毒法既节约了成本，又具有良好的消毒效果。

7月和8月，利用长时间的直接太阳辐射时间和高温进行土壤消毒。具体方法如下：每隔667平方米，破碎稻草1000~2000 kg，生石灰30~60 kg(pH6.5以下，如pH6.5以上，加入相同量的硫酸铵)，深耕，整地成60~70 cm，高30 cm箱，主要是增加表面积，提高地温。用旧薄膜盖住箱子的表面，把水槽装满水，直到箱子表面湿了为止。连栋双膜大棚膜的密封时间超过7天(当天气晴朗时，如阴天和雨天)。该方法的表面温度可达80℃以上，可杀灭一般病虫害。为了提高杀菌效果，还可以在土壤中使用。

对土壤进行淹灌平耕，再灌入棚内，使连栋双膜大棚土壤中的细菌和细菌处于无繁殖状态，杀死镰刀菌、子囊菌等细菌。同时，淹灌后有利于微生物腐败，改善底土的理化性质，协调土壤水、肥、气、热等因素